水功能区，是指为满足水资源合理开发和有效保护的需求，根据水资源的自然条件、功能要求、开发利用现状，按照流域综合规划、水资源保护规划和经济社会发展要求，在相应水域按其主导功能划定并执行相应质量标准的特定区域。
水功能区划，是指水功能区划分工作的成果，其内容应包括水功能区名称、范围、现状水质、功能及保护目标等。
水功能区分为水功能一级区和水功能二级区。
水功能一级区分为保护区、缓冲区、开发利用区和保留区四类。
水功能二级区在水功能一级区划定的开发利用区中划分，分为饮用水源区、工业用水区、农业用水区、渔业用水区、景观娱乐用水区、过渡区和排污控制区七类。
经批准的水功能区划是水资源开发、利用和保护的依据。
水功能区划经批准后不得擅自变更。社会经济条件和水资源开发利用条件发生重大变化，需要对水功能区划进行调整时，县级以上人民政府水行政主管部门应组织科学论证，提出水功能区划调整方案，报原批准机关审查批准。
| 水功能区编码 |
水功能区名称 |
起始-终止位置 |
长度(km) |
水质目标(2010) |
水质目标(2020) |
| 06100012403011 |
长江南京浦口饮用水源、渔业用水区（左岸） |
城南河口-长江大桥 |
7.0 |
II |
II |
| 06100012403041 |
长江南京大厂扬子饮用水源区（左岸） |
马汊河口-岳子河闸 |
2 |
II |
II |
| 06100012403071 |
长江南京夹江饮用水源、渔业用水区（右岸） |
秦淮新河口-三汊河口 |
13.2 |
II |
II |
| 06100012403091 |
长江南京上元门-燕子矶饮用水源、渔业用水区（右岸） |
长江大桥-燕子矶 |
7.5 |
II |
II |
| 06100012403111 |
长江南京龙潭饮用水源、工业用水区（右岸） |
九乡河口-七乡河口 |
6.96 |
II |
II |
