2004年8月3日-4日，中科院湖泊所的专家以及南京中科青年文明号志愿者，对紫霞湖进行了有史以来规模最大的科学勘测。

经过600多个勘测点的测量，科学家告诉记者，离湖畔两米内的水域，水深几乎都不超过2米，且湖底均为岩石和坚硬的地面。湖西南角水塔与湖心亭之间水位较深，最深8.23米，平均水深7米多；而湖西南侧湖水也较深，平均水深5.5米左右。令人意外的是，虽然紫霞湖湖水表面没有较大的温差，但湖面与湖底的水温相差15摄氏度！在勘测过程中，湖内不少热心泳客向记者反映，紫霞湖底存在着一条20多米深的“垄沟”，绝大多数溺水事件就是发生在“垄沟”内，但“垄沟”的具体位置在哪里，泳客们众说纷纭。为了找出这条“害人”的“垄沟”，记者和专家专门在可疑“水道”上又测试了10多个来回，但探测水深均在5～6米之间，最高水深6.44米。湖泊勘测专家黄群表示，从目前勘测的情况来看，紫霞湖湖底存在“垄沟”的传闻，并不可靠！

　　此外，这次勘测，还惊喜地告诉世人：紫霞湖水质好于17年前，特别是水质透明度1.8米，比1987年清晰了80多厘米。中科院湖泊所南京中科王连安高工表示，他们将根据此次勘测的数据，通过计算机绘制出紫霞湖湖底的地形图，以及其他关于紫霞湖的资料，无偿提供给紫霞湖的管理部门，希望能有助于紫霞湖资源的维护、开发与管理。