早在五千年以前，南京是一片原始森林和沼泽，原始人在这里栖息繁衍，这已由北阴阳营发掘的一处原始村落得以证实。
　　
　　但南京的历史沿革有文字记载则始于周秦时期。据《建康实录》记载：“越霸中国，与齐、楚争强，为楚威王所灭，其地又属楚，乃因山立号，置金陵邑也。楚之金陵，今石头城是也，或云地接华阳金坛之陵，故号金陵。”这是《建康实录》中对南京始称金陵的两种说法。
　　
　　又《景定建康志》中说：“周显王三十六年，楚子熊商败越，尽取吴故地，以此地有王气，因埋金以镇之，号日金陵。”相传过去有人在楚子“埋金以镇之”的龙湾(今下关江边)发掘一碣，其铭文写道：“不在山前，不在山后，不在山南，不在山北，有人获得，富了一国。”似乎也可作为楚子埋金置金陵邑的佐证。
　　
　　又据《建康实录》记载：“楚威王后一百一十余年，当秦始皇二十四年，秦灭楚，兼诸侯，分天下作三十六郡，以金陵为鄣郡，于故鄣属今吴兴郡，浙江以东为会稽郡。楚亡以后一十三年，当始皇三十六年(应是三十七年)，始皇东巡，自江乘渡，望气者云：‘五百年后，金陵有天子气’。因凿钟阜。断金陵长陇以通流，至今呼为秦淮。乃改金陵邑为秣陵县，秦之秣陵县城，即在今县城东南六十里，秣陵桥东北故城是也。”
　　
　　秦以后，秣陵又改过许多名称，如建业(东吴)、建邺(西晋)、建康(西晋、东晋)、江宁(西晋、南唐)、白下(唐)、升州(唐、宋)、集庆(元)、应天(明)、南京(明)，天京(太平天国)等等。但金陵则一直作为南京的别名而用之。